办理医疗器械质量管理体系认证证书的好处在于，一方面，通过认证可以提升企业的质量管理水平，确保医疗器械的安全性和有效性。医疗器械是与人们的健康和生命密切相关的产品，质量问题可能会对用户造成严重的伤害甚至生命危险。通过质量管理体系认证，企业能够建立完善的质量管理制度和流程，规范产品设计、生产和服务的各个环节，从而提高医疗器械的质量和可靠性，降低产品缺陷和事故的风险。

另一方面，获得医疗器械质量管理体系认证证书也可以增强企业的市场竞争力。在医疗器械市场上，用户对产品的安全性和质量要求越来越高，购买决策往往受到认证证书的影响。拥有医疗器械质量管理体系认证证书的企业能够向用户传递出一种可信赖和值得合作的信号，增加用户对产品的信任和认可。此外，一些国家和地区对于医疗器械的市场准入也有严格的要求，要求供应商提供质量管理体系认证证书作为准入条件。因此，获得医疗器械质量管理体系认证证书可以为企业打开更广阔的市场，增加销售机会。

然而，办理医疗器械质量管理体系认证证书也面临一些挑战。首先，认证的申请和审核过程较为复杂，需要企业投入大量的时间和精力。企业需要对现有的质量管理体系进行全面审查和改进，确保其符合标准的要求。此外，认证的有效期一般为三年，需要企业每三年重新进行认证。这意味着企业需要定期进行评估和改进，以保持质量管理体系的符合性和有效性。这也增加了企业的成本投入和管理负担。